二氧化氯強氧化的特性，對於一般細菌與藻類確實會有殺害之性質，故於使用上需瞭解其使用目的、範圍、用途，並注意其使用方式與適當用量，必能達到所需的效果。
由於二氧化氯本身不殘留的特性，一般於環境衛生的應用濃度在250ppm，即為0.025%，遠低於國內環保署規定6%以下即為不列管的環境用藥(文號：87.02.11環署毒字第0007862號)，故對一般的環境不會造成任何不良的影響。不過，若大規模或大面積使用，建議仍應先針對周遭環境於事前做一評估，以降低不必要的消耗與對環境短暫的影響。一般民生用途其二氧化氯與副產物殘餘濃度均低，則對環保影響不大。任何消毒劑在消滅目標菌藻類也都會對鄰近菌藻類產生影響，沒有完全無影響之品項。
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